Электрофорез - один из наиболее часто используемых инструментов в молекулярной биологии. Он используется для отделения нуклеиновой кислоты. Электропорация - это процесс разделения нуклеиновой кислоты по размеру. В электрофорезе используется гель. В геле делают лунки, в которые загружают образцы нуклеиновой кислоты. Пропускается электрический ток, и в зависимости от размера нуклеиновой кислоты перемещается в геле. Это помогает количественно определить, отделить и очистить нуклеиновую кислоту.
Агароза против полиакриламида
Разница между агарозой и полиакриламидом заключается в том, что агароза используется для разделения больших фрагментов ДНК, а полиакриламидный гель используется для разделения более коротких фрагментов белка и нуклеиновой кислоты. Агарозу наливают горизонтально, а полиакриламид - вертикально. Агарозу можно нагревать и разливать горизонтально, но она легко ломается, поэтому с ней нужно обращаться осторожно.
Для проведения электрофореза чаще всего используется агарозный гель. Поскольку он помогает разделить нуклеиновую кислоту в зависимости от размера, он используется для идентификации неизвестного образца ДНК или РНК. Здесь используется лестница известного размера, и полоса неизвестного ядра сравнивается с лестницей и определяется размер.
Электрофорез в полиакриламидном геле называется PAGE. Обычно его используют для разделения белков по размеру. Этот электрофорез работает на основе принципа, согласно которому заряженный образец белка или нуклеиновой кислоты мигрирует через гель при наличии электрического поля. Поскольку подвижность биологической молекулы меняется в зависимости от размера и заряда. Используемый образец должен быть обработан для достижения однородного заряда, так что подвижность в основном зависит от размера.
Таблица сравнения агарозы и полиакриламида
| Параметры сравнения | Агароза | Полиакриламид |
| Токсичность | Не токсичен | Слегка токсичен |
| Размер пор | Большие поры | Меньшие поры |
| Использует | Гель агарозы в основном используется для разделения ДНК и РНК. | Полиакриламидный гель используется для разделения белка и его количественного определения. |
| Положение заливки геля | Горизонтальная позиция | Вертикальное положение |
| Краситель | Этидиум бромид | Бромфеноловый синий |
| Повторное использование | Агарозу можно растопить и использовать повторно | Обычно не используется повторно |
Что такое агароза?
Агароза - это биомолекула, которая используется для создания геля, который представляет собой трехмерную матрицу с порами и каналами. Трехмерная матрица удерживается водородными связями. Поскольку существуют водородные связи, матричная структура легко денатурируется при нагревании. Образцы биомолекул движутся по порам.
Температура плавления агара составляет 85-95 градусов по Цельсию, а температура гелеобразования - 35-42 градусов по Цельсию. Гель агарозы получают путем смешивания агарозы с водой и ее плавления. Затем его горизонтально выливают в форму, в которую помещают гребешок. Затем агароза остывает и образует гель. Гребень оставляет лунку, в которую можно загрузить образец.
Гель агарозы низкой концентрации склонен к растрескиванию. Так что обращаться с ним нужно осторожно. Агарозу можно использовать для разделения ДНК и РНК. Поры в агарозном геле намного больше для проникновения бактериофага. Агароза - это полимер с пируватными и сульфатными группами. Поскольку эти группы заряжены отрицательно, это вызывает поток воды в направлении, противоположном движению ДНК.
Краситель бромистый этидий используется для окрашивания ДНК, что изменяет размер и заряд образца. Буферный раствор заливается в установку и пропускается ток, который заставляет образец перемещаться через агарозный гель и образовывать полосы.
Что такое полиакриламид?
Полиакриламид - это синтетический линейный полимер, состоящий из акриламида и акриловой кислоты. Полиакриламид активно впитывает воду и образует мягкий гель. Это один из гелей, используемых в электрофорезе. Белок и нуклеиновая кислота могут быть количественно определены в полиакриламидном геле на основе их электрофоретической подвижности.
Полиакриламидный гель, полученный путем гидратации акриламида, хорош, поскольку размер пор можно регулировать в зависимости от гидратации. Гель с маленьким размером пор эффективен для исследования молекул меньшего размера. Более крупные молекулы не могут перемещаться через маленькие поры и попадать в ловушку, в то время как более мелкие молекулы легко перемещаются через поры и образуют полосы.
Полиакриламидный гель широко используется в эксперименте SDS PAGE. SDS PAGE расширяется при электрофорезе в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия. Он используется для разделения образцов белка по размеру. Додецилсульфат натрия является детергентом и связывается с белковой молекулой. Связываясь с белком, этот детергент разрушает вторичную и третичную структуру белка и превращает его в линейную полипептидную цепь. Этот линейный полипептид заряжен отрицательно и перемещается к аноду под действием электрического поля. Здесь расстояние, пройденное молекулой, обратно пропорционально логарифму молекулярной массы. Он также используется для исследования образцов нуклеиновых кислот с низкой молекулярной массой.
Основные различия между агарозой и полиакриламидом
Вывод
Агароза и полиакриламид - два разных полимера. Они химически разные. Хотя они оба используются для электрофореза, они используются для двух разных целей. Агароза имеет более крупные поры и используется для разделения более крупных молекул нуклеиновых кислот, таких как ДНК и РНК. С другой стороны, полиакриламид имеет меньшие поры и используется для разделения и количественного определения белков с меньшей молекулярной массой.
Оба эти соединения служат разным целям и очень полезны в молекулярной биологии. Помимо молекулярной биологии, они также используются во многих других областях. Поскольку эти гели помогают количественно определять нуклеиновую кислоту и белок, они находят применение в медицине и судебной медицине.
